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perl脚本运行的两个问题
发布时间: 2016-07-01 03:25 小组: perl编程交流

我在运行某个流程的主程序脚本的时候,经常会出现几个问题,让人很头疼。经过版主的帮助,终于理解了问题所在。在此,将我遇到的问题和解决方式分享出来,同时也是对版主耐心讲解的一种致敬。

我运行的主程序miRDeep2.pl,它会调用各种程序,比如sanity_check_mature_ref.pl,在调用的时候,它是直接运行

sanity_check_mature_ref.pl 05.mirdeep2_c/mature.hsa.fa  (1)

而不是:

perl /path/mirdeep2_0_0_7/sanity_check_mature_ref.pl 05.mirdeep2_c/mature.hsa.fa   (2)

 

也不是:

/path/perl/5.16.3/install/bin/perl /path/mirdeep2_0_0_7/sanity_check_mature_ref.pl 05.mirdeep2_c/mature.hsa.fa (3)

1. perl解释器的选择问题

第一种运行的时候:sanity_check_mature_ref.pl 05.mirdeep2_c/mature.hsa.fa  (1)

会按sanity_check_mature_ref.pl脚本第一行的/usr/bin/perl 来找perl解释器,也就是说,用/usr/bin/perl来运行脚本。

而且,加入你的目录中有多个“sanity_check_mature_ref.pl”脚本,最终运行的,将是在你的PATH中最先找到的那个“sanity_check_mature_ref.pl”。

 

第二种运行的时候:perl /path/mirdeep2_0_0_7/sanity_check_mature_ref.pl 05.mirdeep2_c/mature.hsa.fa  (2)

会用你PATH中最先找到的那个perl解释器来运行脚本。

第三种:/path/perl/5.16.3/install/bin/perl /path/mirdeep2_0_0_7/sanity_check_mature_ref.pl 05.mirdeep2_c/mature.hsa.fa (3)

会用/path/perl/5.16.3/install/bin/perl来运行脚本。

 

用二、三种方式运行的时候:

因为 脚本“sanity_check_mature_ref.pl” 第一行(shebang line):#!/解释器/的/路径 是 #开头的,

那一行就会被作为注释而忽略。

 

2. 模块调用问题:

perl程序在运行过程中长调用其他模块。一般地说,perl都是在@INC中挨个地搜索要调用的模块的,@INC可以在“.bashrc”文件中的export PERL5LIB="/PATH/VEP/ensembl-tools-release-80:$PERL5LIB"来设置。

因此,上面三种运行方式,都能在@INC中搜索所需要的模块。但是有的模块可能跟perl解释器绑定在一起的。这类模块有可能是C语言实现的,需要编译。这种模块,你要调用,就必须保证你所用的perl解释器安装了该模块,否则无法调用,也无法用@INC来设置。

以下是群主当时的解释:

=========================================================================================

你执行一个程序的时候, 如果是脚本文件,

脚本文件会有第一行 #!/解释器/的/路径

这个叫做 shebang line, 这一行的作用就是告诉内核, 用哪个解释器来执行这个脚本文件。

而当你在命令行用    /完整路径/的/perl  脚本.pl

这个语法执行的时候, 因为 #!/解释器/的/路径 是 #开头的,

那 那一行就会被作为注释而忽略。

当时当你用   脚本.pl  执行的时候,

内核会在文件的头几行找 shebang line,

=========================================================================================

 

 

0.16版本发布以前需要处理的html内容。
发布时间: 2016-02-20 15:07 小组: 电器网站开发讨论

产品资料展示页面

用户账号资料显示页面

有些产品没有图片的, 显示自带没有图片的图片

供求信息的页面, 图标都是用百姓网的 (收藏/转发/举报) (需要更换)

企业站顶部图片换成更合适的

搜索页面的 checkbox 修改

登录/注册页面 图片需要更换

公司网站默认主题。

现在那4个链接分别是 资讯管理/招募人才/新闻投稿/公司资料

密码找回页面, 设计成流程和布局的。 第一步的流程在附件里。 顶部增加一个步骤的导航, 让用户知道他在第几步。

当用户登录以后, 会员登录和立即注册这里需要改成其他的。 底部 就是 发布资讯/发布招聘

wiki/search page fixes

列表样式的两个图标

feedback-page

report dialog

反馈列表 (操作: 查看/已解决/删除)

公司管理

公司后台管理首页

评分修改, 用图片和背景的百分比来实现。

找回密码相关页面。

公司简单的资料查看页。

top_bar那一栏的弹出窗口需要重新布局。

还有收藏夹相关的弹出窗口也要布局。
 

关于机器码到汇编的 初级探讨。
发布时间: 2016-01-16 01:08 小组: asp.net,C++等编程学习交流

   要做一个单片机的8位的 机器码反汇编。发现多年以后很多东西都忘了。

   开始我思考的是,直接给每条指令写一个函数,用map来搜寻,相对应的指令。但是一条指令所执行的机器码有很多种,这样查找就必须用正则匹配后,进行传入参数。

   这时候我又思考,能不能把正则也装入map里面呢?但是这地方我不想做过多的探讨。这条路感觉是设计的邪路。但是这种方式是可以应对16位32 64位的。但是目前这种东西工程浩大。

   然后我就采用另外的一种方式。为什么我不用穷举法,把所有的结果全部装入表中,利用查表进行转换呢?

  8位的单片机,但是他的寻址是0000到FFFF。也就是F*F*F*F 的组合方式,也不多嘛。也就65536种。

  好吧,但是这张表有多大?初始化需要多长时间??于是今晚我又做了测试。我用字符串随机组合了 7万条 key val 表。

 内存占用情况是在15M到30M之间, 是可以接受的范围之内的。初始化的时间在debug下8秒左右。在release版本下,不到1秒、

然后我把这张表,全部遍历查找,每个都进行find(),时间在debug下跑了几分钟没结果。但是release下,3秒便可全部把7万条记录遍历完毕。

最终得出的结果是:这个算法是可行的,速度也比较客观,几乎~~没有等待时间。

 

总结下:这种穷举的方法,不错,而实际算法的时间的计算,不如计算机实际运行算的准确。

 

大体流程如下,初始化的时候,初始化这张表。当然这张表,是可以写入文件中,程序运行时候,可以直接读取文件进行初始化MAP,也可以在内部,用代码,从0XXX到FXXX进行初始化。初始化之后,为此表设计查找函数,并且输出结果。这样核心部分算是完成。

 接下来,可以选择一个UI,MFC即可。用的是VS2013开发,可能运行程序的时候需要安装VC2010运行库,甚至需要VC++2012运行库,这个就得提醒用户打补丁了。也可以,采用较低版本的VS进行编译,舍弃使用C++11代码。今天暂时写到这。

新模板记录~~
发布时间: 2015-12-27 21:41 小组: 魔奇开发内部讨论组

包含的命令是
<: include "模板文件" :>,include 是插入

<:     :>        这组标记包含的内容, 都是模板指令, 这个可以跨行

:    后面一个空格的,  这个表示整行是模板指令

用途都是给模板系统发指令

 

: include "模板路径"

这个就表示当前位置插入 路径指向的模板内容

 

: block content -> { }

这一行表示定义了一个  content 的内容块

实际上你可以用   : block abcdefg -> { }

这样就可以定义一个名字为 abcdefg  的内容块,现在这个内容块的内容是空的

 

: cascade "layout/default" { body_css_class => "signin", no_header => 1 }

这样一行代码 layout/default  的意思 就是 使用 "layout/default"  作为这个页面的基本模板

后面的  { body_css_class => "signin", no_header => 1 }  这个是传递给 使用 layout/default 这个页面的参数

这个例子传递了两个参数 ,一个是 body_css_class  还有一个是 no_header。

【【【

<body class="<: $body_css_class :>">

: if !$no_header {
        <: render('share/header') :>
      : }

】】】

 

 

cascade 和 include 这两个指令都不带括号的

: include "abcefg"

 

: override content -> {
   这个页面要覆盖的内容
: }

 

breadcrumb 可以被点击。 需要重新设计写html
发布时间: 2015-12-22 01:39 小组: 魔奇开发内部讨论组

现在的 breadcrumb 只是呈现效果, 并没有显示正确的内容。

不过我想把它设计成可以点击的。

修改代码, 使用html5标准。
发布时间: 2015-12-21 20:25 小组: 魔奇开发内部讨论组

有些代码没有正确使用 html5 特化的一些标签, 例如 section article nav aside main

在项目完成以后, 应该修改这些代码。

只不过此项目优先级低一些。 先把东西做出来。

关于html5几个新元素的使用。
发布时间: 2015-12-21 16:32 小组: web开发入门

section

section 的作用是用来给页面相关内容分块的用途。有时候页面需要用div归类内容的时候, 如果包含的内容是相关的, 很可能需要的是section.

seciton和div的区别是, div只是单纯在视觉层次把元素归类, 而section下面, 包含的只是内容逻辑上归类。属于一个内容块。

例如, 搜索结果页, section就可以用来标记 搜索结果内容块, section可以包含div或者section。

main

main元素只能包含页面的主要的核心内容。 每一个页面只能有一个main元素。 main相当于section, 属于一个特别的section。

例如, 搜索页, main只能包含搜索结果。 (搜索选项相关的也属于搜索结果)

例如, 一篇文章, main只能包含文章的内容。 (包括文章相关的资料。 例如文章的章节连接。 具体文章的内容, 可以用 article 来包含article具体内容。)

例如 main 包含了一个 nav 和 一个或者多个 article, div用来作为此文章的章节导航。 一个或者多个article用来表示当前选中的文章。 如果nav导航是连接, 而不是锚, 那一个页面可能只显示一篇文章, 那就只有一个article。 如果有很多锚, 那每一篇文章都用一个article包含起来。 在这个例子里, nav可以被aside包起来. 也或许有多个导航, 同时用nav, 也可以同时用aside。

如果一个页面分成上半部分 / 下半部分,

下半部分有侧栏, 如果侧栏不和主要内容相关, 那必须在main内容以外。

main元素的作用是包含那一个页面显示的主要内容。 如果是搜索页, main里可以包含 过滤 的工具栏或者 搜索栏。

如果侧栏不只是广告, 和主要内容不相关的, 那侧栏就不能放到main里面。

但如果侧栏和main相关的, 例如 main内容显示的是用户的个人资料, 侧栏是导航, 那么侧栏就应该放到main里面, 和。

article

article元素用来包含一组自解释的文档片段。 这里例如, 搜索结果。 如果搜索结果的内容不是表格样式。 那么每一项搜索结果的内容, 都应该是一个article。

所以很可能样式就是

<main>
<nav>
</nav>
<section>
  <article></article>
  <article></article>
</section>
</main>

nav

nav元素是用来包含内容相关的导航。 例如文章的导航, 网站的导航。

aside

aside 是用来包含侧栏的。 但aside侧栏的前提是和上下文的内容相关。 如果不相关, 就应该用 div.

例如, 文章和文章的章节, 这就是相关的。 但文章和上下文广告, 就不是相关的。 如果同时有相关和不相关的东西, 那也用aside. 例如文章显示内容

footer

这个是表示页面的底部。

header

这个表示页面的顶部。


footer 和 header 没什么好说的。 只不过有时候用了div, 但类似 table header 和table footer 的时候, 在允许的情况, 也应该用header和 footer。

 

.tt文件 语法
发布时间: 2015-12-20 21:28 小组: 魔奇开发内部讨论组

.tt文件的一些语法记录在这个标题下~

登录用户访问 私有小组 没有显示申请加入的表单
发布时间: 2015-12-20 20:25 小组: 魔奇开发内部讨论组

当用户访问私有小组, 会提示 你不是该组成员的错误页面。

在此页面, 应该显示申请加入小组的表单。

html规范
发布时间: 2015-12-20 20:25 小组: 魔奇开发内部讨论组

此后合作中html统一的规范记录在这个标题下~